Ciao,
se ti riferisci ai messaggi personali della casella vocale, quelli si eliminano andando su "Gestisci", se inveci intendi i messaggi dedicati ai vari risponditori, quelli in effetti vanno eliminati a mano, andando nella specifica cartella che, a seconda del OS del centralino, è:
Windows: C:\ProgramData\3CX\Instance1\Data\Ivr\Prompts
Linux: /var/lib/3cxpbx/Instance1/Data/Ivr/Prompts